Présentation

L'édition 2018 des journées SeqBio aura lieu à Rouen, le lundi 19 et le mardi 20 novembre 2018.

Les journées SeqBio sont les journées francophones annuelles du groupe COMATEGE (aka SEQBIO) commun au GDR BIM (Bioinformatique Moléculaire) et au GDR IM (Informatique Mathématique). Cette réunion s’adresse aux chercheurs en informatique, statistique, bio-informatique et biologie qui travaillent sur les séquences, vues comme objet combinatoire ou comme objet biologique.

Ces journées sont organisées annuellement et ont eu lieu les années précédentes à Lille, Nantes, Orsay, Montpellier...

Ces journées abordent les thématiques suivantes, sans pour autant s'y restreindre :

  • combinatoire des mots, statistiques sur les mots
  • algorithmique du texte, structures d'indexation
  • algorithmique parallèle
  • recherche, découverte et analyse de motifs et de répétitions
  • analyse des données de séquençage haut-débit (génomique, métagénomique, RNA-seq, ...)
  • annotation des génomes, prédiction de gènes
  • haplotypes et polymorphismes
  • génomique comparative
  • signaux de régulation

Comme chaque année depuis 2011, nous accueillerons des orateurs invités.

Nous espérons vous voir nombreux et nombreuses à Rouen pour cette édition 2018 !

Orateurs invités

Pour cette édition, nous aurons le plaisir de recevoir les invités suivants :

  • Johannes Fischer (TU Dortmund)
    • Titre : Integrating Parallelism into Text Indexing
    • Résumé
  • Alessandra Carbone (Sorbonne Université - Laboratoire de Biologie Computationnelle et Quantitative)
    • Titre : La co-évolution des protéines et le monde des virus
    • Résumé

Session entreprises

Pour cette édition, une session entreprise aura également lieu. Les entreprises présentes seront les suivantes :

Informations Pratiques

Les journées se tiendront sur le campus de l'Université de Rouen Normandie, à Mont-Saint-Aignan, dans l'amphitéâtre du bâtiment CURIB.

Le campus est facilement accessible :


  • Du centre ville, en prenant la ligne de bus T1 direction "Mont aux Malades" jusqu'à l'arrêt "Campus" (compter 15 minutes environ). Le plan de cette ligne de bus est disponible ici.
  • De la gare, en prenant la ligne de bus F2 direction "La Vatine / Parc de la Vatine" jusqu'à l'arrêt "Place Colbert". Le plan de cette ligne est disponible ici.
Dans les deux cas, le bâtiment CURIB se trouvera ensuite à environ 300 mètres des arrêts de bus sus-cités.


Le programme est accessible ici.

Dates limites

  • Soumission d'un résumé : 23 octobre 2018
  • Notifications aux auteurs : 2 novembre 2018 5 novembre 2018
  • Diffusion du programme : 2 novembre 2018 5 novembre 2018
  • Inscription : 5 novembre 2018 7 novembre 2018

Inscription

L'inscription se fait grâce au formulaire suivant : s'inscrire.

La liste des participant.e.s peut-être consultée ici.

Soumissions

Les soumissions se font via EasyChair, au format PDF. Des modèles LaTeX ou traitement de texte sont disponibles.

Les soumissions peuvent être rédigées en français ou en anglais. Pour les présentations, il serait préférable, par bienveillance envers les personnes non francophones, que les transparents soient rédigés en anglais. La langue des présentations est également laissée au choix de l'orateur.

Comité d'organisation

  • Saïd Abdeddaim (LITIS, Université de Rouen Normandie)
  • Ahmad Abdel-Sater (LITIS, Université de Rouen Normandie)
  • Caroline Bérard (LITIS, Université de Rouen Normandie)
  • Julien Clément (GREYC, Université de Caen Normandie)
  • Hélène Dauchel (LITIS, Université de Rouen Normandie)
  • Richard Groult (MIS, Université de Picardie Jules Verne)
  • Thierry Lecroq (LITIS, Université de Rouen Normandie)
  • Arnaud Lefebvre (LITIS, Université de Rouen Normandie)
  • Pierre Morisse (LITIS, Université de Rouen Normandie)
  • Laurent Mouchard (LITIS, Université de Rouen Normandie)
  • Élise Prieur-Gaston (LITIS, Université de Rouen Normandie)
  • Lina Soualmia (LITIS, Université de Rouen Normandie)
  • Brigitte Vallée (GREYC, Université de Caen Normandie)
  • Nicolas Vergne (LMRS, Université de Rouen Normandie)
  • Sylvestre Vimard (LITIS, Université de Rouen Normandie)

Comité de programme

  • Guillaume Blin (LaBRI, Université de Bordeaux)
  • Laurent Bulteau (LIGM, CNRS)
  • Julien Clément (GREYC, Université de Caen Normandie)
  • Alain Denise (LRI, Université Paris-Sud / Paris-Saclay)
  • Gilles Didier (LIRMM, CNRS)
  • Thierry Lecroq (LITIS, Université de Rouen Normandie)
  • Claire Lemaitre (IRISA, INRIA)
  • Laurent Mouchard (LITIS, Université de Rouen Normandie)
  • Pierre Peterlongo (IRISA, INRIA)
  • Yann Ponty (LIX, CNRS)
  • Eric Rivals (LIRMM, CNRS)
  • Irena Rusu (LS2N, Université de Nantes)
  • Mikael Salson (CRIStAL, Université de Lille)
  • Tatiana Starikovskaya (Département d'Informatique, ENS Paris)
  • Hélène Touzet (CRIStAL, CNRS)
  • Raluca Uricaru (LaBRI, Université de Bordeaux)

Contact

Pour toute question, vous pouvez nous contacter par e-mail à pierre.morisse2@univ-rouen.fr.

Soutiens

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