Alessandra Carbone

La co-évolution des protéines et le monde des virus

Une question fondamentale en biologie computationnelle est l'extraction de l'information évolutive à partir de séquences d'ADN. Cet information concerne les sites de liaison protéine-protéine et les propriétés mécaniques et allostériques des protéines. Nous présenterons une approche computationnelle pour l’analyse de co-évolution de paires de résidus dans les séquences protéiques. Elle a été appliquée à l’étude des interactions protéine-protéine dans le cadre d'un projet sur la reconstruction du réseau protéique des génomes viraux. Nous montrerons comment le réseau d'interaction des 10 protéines du génome du virus de l'hépatite C peut être reconstruit à une résolution de résidus / domaine et nous présenterons brièvement des travaux expérimentaux récents démontrant la fusion du VHC comme un mécanisme unique. Ce travail fournit une preuve de concept pour une exploration plus large des processus médiés par les protéines virales et souligne la coévolution comme un outil précieux pour guider la conception des inhibiteurs viraux. Dans un deuxième exemple, nous montrerons comme une généralisation de la méthode, appliquée au virus de l’hépatite B, nous donne des informations importantes sur les mutations primaires et secondaires de réponse à des drogues antivirales.